Juillet 2007. Une fouille organisée dans la forêt de Koptiaki permet de mettre au jour des débris d'ossements, des balles et de la poterie. Les restes sont envoyés à la morgue d'Ekaterinbourg afin d'être expertisés. Les balles retrouvées sur les lieux datent des années 1917-1918, mais ne sont pas du même calibre que celles retrouvées en 1991. La poterie aurait quant elle servi à contenir de l'acide sulfurique. La tache s'avère difficile pour identifier les restes : les os sont cassants, mais il ne faut pas les abîmer car il est possible qu'il s'agisse du tsarévitch et de sa soeur, autrement dit des reliques de saints. Pour faciliter le travail des chercheurs, les journalistes sont écartés de l'affaire afin d'éviter le même scandale médiatique qu'en 1991.

Rapidement, les premières conclusions tombent. Il s'agirait de deux corps : celui d'une jeune femme d'environ 20 ans et celui d'un adolescent d'environ 14 ans. Les analyses ADN s'annoncent cependant plus difficiles, les restes sont en très mauvais état et l'ADN ne résiste pas bien aux épreuves du temps, qui plus est, dans un climat aussi humide qu'en Sibérie. Il n'y a donc qu'une solution pour identifier les corps : broyer les précieux ossements afin d'en extraire le reste d'ADN qu'ils contiennent. Si cette méthode échoue, il n'y aura plus assez de matière pour les identifier et les ossements resteront anonymes pour toujours. Par chance, l'on arrive à extraire de l'ADN des deux corps. Après les avoir comparés, les scientifiques découvrent qu'ils ont les mêmes marqueurs génétiques. Il y a donc 99% de chances que ces deux corps soient ceux d'un frère et d'une soeur. On compare l'ADN de l'adolescent avec celui du tsar et de la tsarine : le jeune homme partage les mêmes marqueurs génétiques que les deux souverains : il s'agit bien de leur fils, le tsarévitch Alexei. Les deux corps étant ceux d'un frère et d'une soeur, l'on identifie du même coup la grande-duchesse Maria.

 Il aura fallu près d'un siècle, mais au final, l'ultime chapitre de cette affaire peut enfin être écrit : aucun Romanov n'a réchappé au massacre de juillet 1918. La science a finalement prouvé que les bolchéviques n'ont laissé aucun survivant. A présent, les restes de Maria et d'Alexei pourront enfin rejoindre ceux de leur famille dans la cripte impériale de la cathédrale Pierre-et-Paul de Saint-Pétersbourg.

En octobre 2008, le Parquet Général de Russie a décidé de réhabiliter le tsar et sa famille, à la demande de l'héritière au trône impérial, la grande-duchesse Maria Vladimirovna, et les considère comme "victimes de répressions politiques", ce qui a permis de clore le dossier Romanov après plus de dix-sept ans d'enquête. Cependant, les descendants de la famille Romanov ont contesté la fermeture du dossier, en janvier 2010, estimant cette décision "illégale et infondée". Par ailleurs, malgré les résultats ADN, la famille impériale et l'Eglise orthodoxe russe doutent que les restes humains découverts en 2007 dans la région d'Ekaterinbourg soient ceux du tsarévitch et de sa soeur Maria.